La Ley Orgánica 15/1999 de Protección de Datos de carácter personal dispone que los datos de carácter personal (como son los contenidos en la historia clínica de los pacientes) se conservarán durante el periodo necesario para el cumplimiento de los fines en base a los cuales hubieran sido recabados o registrados (artículo 4).

Dado que el fin principal de la historia clínica es garantizar una asistencia adecuada al paciente (artículo 16.1 de la Ley 41/2002, de 14 de noviembre, básica reguladora de la autonomía del paciente y de derechos y obligaciones en materia de información y documentación clínica ), el periodo de conservación de la historia debe ser el adecuado a tal fin. La regulación específica sobre el régimen de la historia clínica ha previsto que “Los centros sanitarios tienen la obligación de conservar la documentación clínica (...) durante el tiempo adecuado a cada caso y, como mínimo, cinco años contados desde la fecha del alta de cada proceso asistencial” (artículo 17.1 de la Ley 41/2002). En algunas de las normas autonómicas que se han promulgado en este ámbito, se han establecido periodos mínimos mas dilatados (por ejemplo, en Cataluña, veinte años desde el fallecimiento del paciente).

Además, la historia clínica sirve para fines judiciales, epidemiológicos, de salud pública, de investigación o de docencia (artículo 16.3 de la Ley 41/2002): la historia se puede mantener con estos fines y se puede acceder a la misma, o bien con el consentimiento expreso del interesado o bien de tal manera que quede asegurado el anonimato. Se exceptúan los supuestos de investigación de la autoridad judicial en los que se considere imprescindible la unificación de los datos identificativos con los clínico-asistenciales, en los cuales se estará a lo que dispongan los jueces y tribunales en el proceso correspondiente.