El Dr. Carracedo es,desde 1989,Catedrático de Medicina Legal de la Universidad de Santiago (USC) y durante el periodo 1994 – 2012 fue Director del Instituto de Medicina Legal de dicha Universidad. A su vez, desde 1999 es Director de la Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (SERGAS-Xunta de Galicia), Director del Centro Nacional de Genotipado-ISCIII desde 2002, miembro del CIBERER y del IDIS.

En la actualidad coordina al Grupo de Medicina Xenómica, primero a nivel mundial en citaciones en el área de la Medicina forense en el último decenio (2001-2011) de acuerdo con Thomson y Reuters (Web of Knowledge) y el mismo se encuentra entre los autores más citados en Biología Molecular con una media superior a las 2000 citaciones/año. El grupo cual consta de 10 líneas de investigación,varias plataformas tecnológicas y alrededor de 100 personas. Sus principales áreas de trabajo incluyen la genética del cáncer, la farmacogenómica y las enfermedades psiquiátricas en edad infantil.

A lo largo de su trayectoria profesional ha publicado 12 libros y 550 artículos en revistas internacionales  incluyendo artículos en Nature, Science, NatureGenetics, además de las principales revistas de genética médica, cáncer y Medicina forense.

Es miembro del board de Sociedades nacionales e internacionales de Medicina Forense, Genética,Farmacogenómica y del ámbito de la Oncología. También es miembro de diversos organismos reguladores (EMA, Forensic DNA Regulator UK, DNA ISFG Commission, Comisión Nacional para el uso forense del ADN (España), Comité de la Cruz Roja Internacional, Consorcio Internacional de Enfermedades raras –IRDiRC, etc) y forma parte del Comité asesor de más de diez institutos de investigación de ámbito nacional e internacional.

A lo largo de su carrera ha recibido numerosos premios entre los que destacan la Medalla de Oro y Plata de Galicia, el Premio Rey Jaime I de investigación, la Medalla Adelaide (la distinción más importante a nivel mundial en Medicina Forense), la Medalla Galien (conocido como el Premio Nobel del Medicamento), el Premio Nacional de Genética,  el premio Prismas de divulgación, el Premio Galicia de Investigación, la Medalla Castelao y el Premio Novoa Santos.Es Doctor Honoris Causa por varias universidades de Europa y América.