Métodos utilizados para evaluar el estado de metilación de un gen (unión de los grupos metilo a las citosinas del ADN). Los genes metilados no se expresan. La metilación desempeña un papel importante en la inactivación del cromosoma X y en la impronta genética.

1. Análisis con enzimas de restricción sensibles a metilación: El ADN es digerido (cortado) por una enzima de restricción que sólo puede digerir ADN no metilado. Se realizan análisis adicionales (por ejemplo, Southern blot y/o PCR) para determinar si el ADN se ha cortado. La presencia de ADN no cortado indica que el ADN está metilado, mientras que la presencia de ADN cortado indica que éste no está metilado.

2. Análisis de secuencia tratada con bisulfito: El ADN es tratado para sustituir todos los nucleótidos citosina no metilados por nucleótidos timina. Se secuencia el ADN tratado. El ADN metilado conserva su secuencia original (normal), mientras que el ADN no metilado presenta una secuencia anormal en la que todos los nucleótidos citosina (C) se han sustituido por nucleótidos timina (T).



3. Extensión con cebadores nucleótidos únicos (SNuPE) de ADN modificado con bisulfito: Se trata de una variación del análisis de secuencia tratada con bisulfito en el que el ADN es tratado para sustituir todos las citosinas no metiladas (C) por timinas (T). Al utilizarse dideoxinucleótidos exclusivamente en la fase de amplificación por PCR antes del análisis de secuencias, sólo se secuencia un par de bases. La presencia de citosina (C) indica que la región de ADN está metilada, mientras que la presencia de timina (T) indica que la región de ADN no está metilada.



1[Adaptado de Gratchev, DNA methylation analysis, http://www.methods-online.net/methods/DNAmethylation.html)