La denominada “materia oscura” del ARN alude a la hipotéticamente gran cantidad de ARN transcrito a partir de ADN fuera de las regiones génicas identificadas hasta la fecha (codificantes para proteínas y regiones reguladoras, que tradicionalmente se ha estimado en tan solo un 2-3% del genoma total). Sin embargo, los hallazgos de este estudio sugieren que los niveles de transcripción en regiones intergénicas serían en realidad mucho más limitados.

Utilizando tecnología de secuenciación de última generación, el estudio dirigido por Harm van Bakel, de la Universidad de Toronto (Canadá) parece demostrar que en células humanas y de ratón la mayoría de tránscritos de ARN coinciden con regiones génicas o con regiones cercanas reguladoras de la expresión génica.

Este hallazgo descalificaría los resultados de otros trabajos publicados en los últimos años (como el estudio piloto del proyecto ENCODE), en los que se señalaba que la mayor parte del genoma humano y de otros mamíferos se transcribía a ARN en condiciones normales, tanto en regiones génicas como intergénicas sin función conocida.
Aunque este punto deberá clarificarse en investigaciones futuras, es posible que la discrepancia de este último trabajo con los estudios anteriores radique en que éstos habían utilizado, en la mayor parte de los casos, tecnología de tiling microarrays, mientras que algunos estudios más recientes como el dirigido por van Bakel están optando por métodos de secuenciación directa de tránscritos de ARN como la RNA-Seq.