Variantes genéticas comunes en el gen MC1R están asociadas fuertemente con el fenotipo de cabello pelirrojo, las pecas y la sensibilidad al sol, todos los cuales son factores de riesgo para el desarrollo de melanoma. Las personas pelirrojas en general portan dos alelos variantes de MC1R, mientras que una gran parte de la población porta un solo alelo sin que muestren estas características físicas.

En un reciente estudio se ha estimado que en melanomas el número esperado de mutaciones asociadas a la radiación ultravioleta es un 42% mayor en personas portadoras de al menos una variante alélica de MC1R que en personas que no son portadoras; además, se estima que este número es comparable a la carga mutacional esperada asociada a 21 años adicionales de vida. También se pone de manifiesto el enriquecimiento de otras clases mutacionales en personas con al menos una variante alélica de MC1R.

Diversos estudios de secuenciación en poblaciones han revelado alelos comunes de MC1R con función nula o altamente reducida que están asociados al cabello pelirrojo y fenotipo de piel clara, y a los cuales se les denomina alelos R. En este estudio se apunta que ser portador de al menos un alelo R es un predictor significativo para el número de mutaciones en un tumor de melanoma.

Estos resultados son importantes porque son aplicables a una gran parte de la población. Por ejemplo, se estima que alrededor del 25% de la población inglesa es portadora de uno de estos alelos. Esto quiere decir que esta parte de la población podría estar en riesgo elevado de padecer melanoma, aunque no sean pelirrojos ni posean características fenotípicas típicas normalmente asociadas a este genotipo.

Además, se ha encontrado que otros tipos de mutaciones, no solamente aquellas asociadas al sol, aparecen en mayor número en portadores de alelos R que en no portadores. Esto sugiere que otros mecanismos no asociados a la irradiación ultravioleta, tales como defectos en la reparación a ADN, podrían jugar un papel importante en la predisposición a melanoma en esta parte de la población.